Vào ngày 23 tháng 12 năm 1999, Javier và Paula Zanetti đã tổ chức hôn lễ tại Argentina, sau 7 năm tìm hiểu. Họ sống gần Lake Como, nơi họ sở hữu 1 nhà hàng tên là "El Gaucho". Hiện tại, Paula Zanetti, con gái của 1 giảng viên đại học, đang làm công việc của 1 nhà nhiếp ảnh. Vào ngày 11 tháng 6 năm 2005, cô đã sinh được 1 bé gái, Sol Zanetti. Javier Zanetti đã nói," Tôi rất hạnh phúc khi con bé đã xuất hiện trong cuộc đời tôi. Đó là kỷ niêm tuyệt vời với vợ của tôi. Con gái tôi sẽ được hưởng mọi điều hạnh phúc mà nó đáng được hưởng." Zanetti cũng có một con trai tên là Ignacio.

Zanetti là 1 tín đồ Thiên Chúa mộ đạo, anh cũng đã thuyết phục Wesley Sneijder, tiền vệ người Hà Lan, cải đạo sang đạo Thiên Chúa.

Anh trai của Zanetti, Sergio, cũng là 1 cựu hậu vệ.

Vào năm 2007, Zanetti đã song ca cùng ca sĩ người Ý, Mina, trong 1 bài hát phiên bản tiếng Tây Ban Nha của bài hát "Parole parole", trong album Todavia.

Javier Zanetti không có quan hệ huyết thống với cầu thủ Cristiano Zanetti, 1 tiền vệ người Ý đã từng đá cặp với anh trong màu áo Inter trong 5 mùa giải.